La manutenzione delle navi in servizio di trasporto pubblico locale sul Sebino è uno dei fiori all'occhiello di Navigazione lago d'Iseo, nel rispetto delle norme e regolamenti in vigore e soprattutto come importante valore aggiunto per dare tutta la sicurezza ed il comfort possibile ai passeggeri. Manutenzioni ordinarie e straordinarie, revamping, refitting e ogni possibile intervento ha costi importanti che Navigazione affronta con il sostengo di Regione Lombardia e con economie proprie di gestione. Negli ultimi 5 anni, per essere sempre in regola rispetto alle norme e per dare agli utenti la certezza di una flotta in ottime condizioni, sono stati aumentati gli interventi, anche grazie al secondo scalo di alaggio di Costa Volpino. Nella stagione estiva che si è conclusa alla data del 30 settembre, sono stati trasportati 980mila passeggeri, pari a tutti quelli trasportati nel 2020, con un buon margine di ulteriore crescita negli ultimi tre mesi dell'anno. Sulle navi sono ancora in vigore le regole anticovid: quindi i posti disponibili sono l'80%, mentre tutti i passeggeri devono dotarsi di mascherina, trovando a bordo i sanificatori per mani. Molto utile, per evitare code e affollamenti, il servizio di prenotazione on line sempre più usato dagli utenti.